L’intercommunalité naît le 1er janvier 2014 suite à l’arrêté préfectoral du 21 mai 2013 qui permet la constitution d’une communauté de communes par fusion des communautés de communes des Monts Berthiand (à l’exception de la commune de Serrières-sur-Ain qui a rejoint la communauté de communes des Rives de l’Ain – Pays du Cerdon), Combe du Val-Brénod, Lac de Nantua et d’Oyonnax1. L’arrêté préfectoral du 6 décembre 2013 donne à la structure le nom de «communauté de communes Haut-Bugey»1.
Initialement composée de 37 communes, l’intercommunalité voit son nombre passer à 36 lors de la fusion entre Le Poizat et Lalleyriat le 1er janvier 2016 sous Le Poizat-Lalleyriat.
Le 13 décembre 2017, un arrêté transforme de la communauté de communes en communauté d’agglomération prenant effet le 1er janvier 20181. De même, la structure change de nom et devient Haut-Bugey Agglomération.
Le 1er janvier 2019, par arrêté préfectoral du 19 novembre 2018, l’intercommunualité absorbe la communauté de communes du plateau d’Hauteville, faisant passer le nombre de communes à 422.
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